熊丙奇直言，大学的课堂教育建设存在着非常严重的问题，而问题的根源就在于大学没有办学自主权。很多学校的课程设置必修科目太多，选修科目过少。有相当多的课程，学生不愿意上，老师也觉得这个课对学生的价值意义不大。但是学生需要通过这个必修课，拿到学分，才能毕业，所以他必须去上。他认为，“很多学校开设的类型科目，甚至学校自己本身都不愿意开设，但是按照有些规定必须开，结果开设了以后，教课老师在应付，学生对此也不会太感兴趣。”
同时他表示，点名只是一个表象。深层原因是学校忽视人才培养的导向、社会重视学历而轻能力等导向问题。“学校以学术研究为评价体系，导致教师以研究为主，不重视学生在课堂的学习。而对于社会，以文凭来评价人才，而不是以能力来评价人才，让很多学生有了‘混’一张文凭的想法”。
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